قام جون دالتون بتوظيف الدلائل الكيميائية و الفيزيائية المعروفة في زمنه معتمداً على الحقائق الملموسة وملاحظات وصفية لبناء تصوره عن الذرة
لقد تنبأت نظرية دالتون بقانون النسب المتضاعفة (قانون النسب المتعددة): عندما تتحدد ذرة ما مع أخرى وتشكل أكثر من مركب فإن نسبة الأوزان لتلك الذرة التي تتحد مع واحد جرام من الذرة الأخرى يجب أن يكون نسبة بسيطة. مثال: الأكسجين يتحد مع الكربون ويشكل أكثر من مركب (CO1 ، CO2)، وزن الأكسجين الذي يتحد مع واحد جرام من الكربون في المركبين هو 2.66g للمركب الأول و 1.33g للمركب الثاني ، نسبة هذه الأوزان هي : 2 = 2.66g 1 1.3 وكان دالتون أول من حسب أوزان ذرات عدد من العناصر.
قدّر دالتون الأوزان الذرية استناداً لنسب الكتلة عند اتحادها مع ذرة الهيدروجين، التي اِعتُبرت واحدةً للقياس على الرغم من أن دالتون لم يتصور وجود ذرات بعض العناصر متحدةً بشكل جزيئات- على سبيل المثال الأوكسجين النقي يوجد بشكل جزيئات أوكسجين كل واحدة منها تتألف من ذرتين. و اعتقد دالتون بصورة خاطئة أن أبسط مركب بين أي عنصرين هو دائماً المركب المكون من ذرة واحدة من أحدهما وذرة من الآخر (لذا فقد اعتقد أن HO أبسط من H2O). بالإضافة إلى سوء معداته والعيب في نتائجه، على سبيل المثال كان يعتقد عام 1803 أن ذرات الأوكسجين كانت أثقل بـ 5.5 مرات من ذرات الهيدروجين، لأنه قاس في الماء 5.5 غرام من الأوكسجين مقابل كل 1 غرام هيدروجين واعتقد كذلك أن صيغة الماء هي HO عام 1806اعتمد دالتون أرقاماً أفضل حيث خلص إلى أن الوزن الذري للأوكسجين هو 7 أضعاف الهيدروجين بدلاً من 5.5، وقد اعتمد هذا الوزن لبقية حياته، بينما خلص آخرون عاصروه إلى أن ذرة الأوكسجين يجب أن تزن 8 أضعاف ذرة الهيدروجين إذا اعتمد صيغة دالتون لجزيء الماء HO، أو يجب أن يزن 16 ضعف ذرة الهيدروجين إذا اعتمد الصيغة الحالية (H2O).
بعد تقدم العلم وتتطور الأجهزة المستخدمة توصل العلماء إلى عِدَّة عيوب في نظريتهِ الذرية ومنها: